Uma das causas da infertilidade é proveniente da obstrução dos ductos ejaculatórios. Devido o bloqueio, a maior parte do sêmen não é expelida durante a ejaculação e isso causa problemas de infertilidade. Varias são as patologias que podem causar obstrução dos ductos, dois exemplos são os cistos na próstata e inflamação das vesículas seminais. Os homens que têm esse problema pode apresentar diminuição ou até ausência de sêmen durante a ejaculação. Outros sintomas comuns são dor ao ejacular, presença de sangue no sêmen e diminuição da força da ejaculação.

O diagnóstico é feito por meio de exames de ultrassonografia ou ressonância nuclear magnética da pelve, eles evidenciam as vesículas seminais e ductos dilatados. O procedimento utilizado no tratamento é feito pela uretra anestesiada, podendo ser necessária a ressecção de possíveis cistos ou mesmo a dilatação dos ductos. A taxa de sucesso do tratamento é alto, com poucas complicações.

Uma outra causa de obstrução dos ductos é a agenesia bilateral dos ductos deferentes, que ocorre quando o homem não desenvolve os ductos deferentes, canais que realizam o transporte dos espermatozóides do testículo para a uretra. Esta doença acontece devido a presença de mutações leves no gene da fibrose cística.

A fibrose cística é uma doença grave, e usualmente leva à morte no período da adolescência. Ela acorre quando a pessoa é portadora de duas mutações genéticas  graves. Já a agenesia dos ductos deferentes é considerada uma forma mais leve da fibrose cística, por ser mais branda, não causa outro problema que não seja a infertilidade. Na agenesia o homem produz espermatozoides normalmente, no entanto, eles ficam retidos no epidídimo. O tratamento é bem simples, basta uma punção do epidídimo, para a extração de espermatozóides que podem ser utilizados para fertilização in vitro.